Šilutės Martyno Jankaus pagrindinė mokykla dalyvauja ES struktūrinių fondų lėšų bendrai finansuojame projekte Nr. 09. 2. 1. – ESFA – V- 719 – 01 – 0001 „Kokybės krepšelis“. Projekto lėšos skirtos mokyklos mokinių pažangai pagerinti, tiriamąjai ir kūrybiniai veiklai organizuoti, tobulinti ugdymo aplinkų, mokytojų kvalifikacijos tobulinimui. Parengtas Šilutės Martyno Jankaus pagrindinės veiklos planas, suderintas su Nacionaline Švietimo Agentūra ir Šilutės rajono savivaldybės administracija.

Projekto „Kokybės krepšelis“ įgyvendinimui bei koordinavimui sudaryta darbo grupė. 2020-2022 m. mokykla sieks pagerinti mokinių pasiekimus ir pažangą, orientuotą į mokinio poreikius. Jau atnaujinti mokomieji kabinetai (matematikos, užsienio kalbų, technologijų kabinetas, sporto salės inventorius), švietimo pagalbos specialistų kabinetai, mokyklos įvairios erdvės naujausiomis informacinėmis technologijomis bei kitomis mokymo priemonėmis. Atliktas tyrimas „Socialinių ir emocinių kompetencijų ir mokyklos aplinkos vertinimas“. Mokyklos bendruomenei (pedagogams ir tėvams) organizuojamas seminaras „Bendruomenės telkimas mokyklos pažangai“. Pedagogai tobulina įgūdžius naudojant inovatyvias mokymo priemones. Numatyta kelti kvalifikaciją užsiėmimuose „Kūrybinės inovacijos“, o pradinio ir priešmokyklinio ugdymo pedagogams – socialinio ir emocinio ugdymo klausimais.