1974 metais Šilutėje pastatyta nauja mokykla – III-ioji vidurinė mokykla. Pirmaisiais metais mokėsi 1245 moksleiviai, dirbo 51 mokytojas.

Nuo 1974 iki 1990 metų mokyklai vadovavo Vaclovas Stankus. Nuo 1990 iki šiol mokyklos vadovo pareigas eina Audrius Astasevičius.

1978 m. įvestas sustiprintas matematikos mokymas (iki 2000m.)

1993 m. mokyklai suteiktas Mažosios Lietuvos kultūros ir politikos veikėjo Martyno Jankaus vardas.

1994 m., atskyrus pradines klases, ugdomi 5–12 klasių mokiniai.

2001 m., vykdant švietimo reformą ir mokyklų optimizacijos programą, mokykla reorganizuota į pagrindinį išsilavinimą teikiančią mokyklą, kurioje ugdomi 5-10 klasių mokiniai.

2015 m. mokykloje pradėtas teikti pradinis ugdymas.

2016-2017 m. m. 1-10 klasėse mokosi 683 mokiniai. Nuo 2016 metų rugsėjo 1 d., reorganizavus Traksėdžių pagrindinę mokyklą, ji tapo Šilutės Martyno Jankaus pagrindinės mokyklos Traksėdžių progimnazijos skyriumi. Skyriuje mokosi 120 mokinių: ikimokyklinio ir priešmokyklinio ugdymo grupėse – 37 vaikai, 1-4 klasėse – 39 mokiniai, 5-8 klasėse – 44 mokiniai. Iš viso mokykloje ir skyriuje mokosi 803 mokiniai. Juos ugdo virš 80 pedagogų (mokytojų ir pagalbos mokiniui specialistų).

Organizuojami neformalaus ugdymo užsiėmimai: sudarytos sąlygos sportuoti, lavinti dailės, muzikos, teatro, choreografijos gebėjimus, tobulinti informacinių technologijų, ekologinius įgūdžius, dalyvauti projektinėje veikloje. Mokiniai turi galimybę naudotis biblioteka, informaciniais centrais, sporto ir aktų salėmis.